Chiến tranh xảy ra tại Bosna và Hercegovina là kết quả của sự tan rã Liên bang Nam Tư. Khủng hoảng bùng nổ ở Nam Tư cùng với sự suy yếu của hệ thống Cộng sản vào cuối thời kỳ Chiến tranh Lạnh. Ở Nam Tư, đảng Cộng sản quốc gia, có tên chính thức là Liên minh hay Liên đoàn Cộng sản Nam Tư, đang mất dần sức mạnh lý tưởng, trong khi các ý thức về chủ nghĩa quốc gia và chủ nghĩa ly khai đang dần hình thành vào cuối thập niên 1980. Điều này dễ nhận thấy đặc biệt là ở Serbia, Croatia và Bosna, và cũng không kém phần sôi nổi là ở Slovenia và Cộng hòa Macedonia.

Tháng 3, 1989, khủng hoảng ở Nam Tư ngày càng trầm trọng hơn sau khi một tu chính hiến pháp Serbia được thông qua tại cho phép chính phủ cộng hòa Serbia áp đặt quyền lực hiệu quả hơn đối với các tỉnh tự trị Kosovo và Vojvodina. Cho tới thời điểm đó, việc ra quyết định này không bị ảnh hưởng của các thế lực bên ngoài. Mỗi khu vực đều có một phiếu bầu tại cấp liên bang của Nam Tư. Serbia, dưới thời tổng thống Slobodan Milošević, có được ba trong tám phiếu trong liên bang Nam Tư. Cộng thêm lá phiếu từ Montenegro, do đó Serbia có ảnh hưởng quyết định lên các dự luật của chính phủ liên bang. Điều này đi ngược lại quyền lợi của các nước cộng hòa khác khi họ kêu gọi cải cách Liên bang Nam Tư.

Tại Hội nghị Đặc biệt lần thứ 14 của Liên đoàn Cộng sản Nam Tư diễn ra vào ngày 20 tháng 1 năm 1990, các đại biểu từ các nước cộng hòa không thể đi đến thống nhất về các vất đề chính trong liên bang Nam Tư. Kết quả là, các đại biểu Slovenia và Croatia rời khỏi hội nghị. Đoàn đại biểu Slovenia, dẫn đầu bởi Milan Kučan đã yêu cầu các thay đổi dân thủ và một liên bang ít ràng buộc hơn, trong khi đại biểu Serbia, dẫn đầu bởi Milošević, chống lại ý kiến này. Điều này được coi như là điểm khởi đầu của việc chấm dứt sự tồn tại Liên bang Nam Tư.

Hơn nữa, các đảng chủ nghĩa quốc gia lúc đó đã giành được quyền lực ở các cộng hòa của họ. Trong số đó, Liên minh Dân chủ Croatia do Franjo Tuđman đứng đầu là phe nhóm nổi bật nhất. Ngày 22 tháng 12 năm 1990, Quốc hội Croatia thông qua Hiến pháp mới dẫn đến việc lấy đi một số quyền của người Serb vốn có được từ Hiến pháp Chủ nghĩa xã hội trước đó. Điều này đã tạo nền tảng cho hành động của những người quốc gia chủ nghĩa trước người Serb sống tại Croatia. Gần tới thời điểm thực thi hiến pháp mới, Slovenia và Croatia bắt đầu tiến tới độc lập, và dẫn tới một cuộc xung đột vũ trang ngắn ngủi tại Slovenia, và chiến tranh trên khắp lãnh thổ Croatia tại những vùng có số đông người Serb sinh sống.